茸毛偃麥草1St染色體上重復序列分析與特異分子標記開發(fā).pdf

1、中間偃麥草（Thinopyrum intermedium,2n=6x=42, JJJsJsStSt）是小麥十分重要的野生近緣物種，屬于小麥的三級基因庫，具有非常多的優(yōu)良基因，其適應環(huán)境以及繁殖能力都很強，是小麥品質改良過程十分重要的供體。茸毛偃麥草（Thinopyrum intermedium ssp. Trichophorum）是中間偃麥草的一個新亞種。與中間偃麥草相比，它的不同之處在于不僅其穗部和葉片上都覆蓋有茸毛，而且染色體上的異

2、染色質條帶也有著十分明顯的差異。但是和中間偃麥草一樣，茸毛偃麥草也免疫小麥三銹，另外它還對赤霉病表現(xiàn)為高抗。
　　本研究通過分析茸毛偃麥草1St染色體上的串聯(lián)重復序列，獲知了該條染色體上串聯(lián)重復序列的基本組成以及分布特征，并通過 SLAF-seq技術開發(fā)得到了一些茸毛偃麥草1St染色體特異分子標記。
　　本研究的具體內容和研究結果如下：
　　1利用開放軟件和自編程序對茸毛偃麥草1St染色體上的微衛(wèi)星和小衛(wèi)星序列進行了查

3、找、統(tǒng)計和分析，發(fā)現(xiàn)該染色體基因組中包含1,390個微衛(wèi)星和435個小衛(wèi)星。
　　2在微衛(wèi)星中，發(fā)現(xiàn)重復數(shù)目最多的重復類型是二堿基重復，其次是三堿基重復，然后是單堿基重復，再往后依次是四堿基重復、五堿基重復和六堿基重復。在單堿基重復類型中，重復拷貝類型為 A的重復數(shù)目最多；二堿基重復類型中， AT的重復數(shù)目最多，其次是AC和AG；三堿基重復類型中，以AAT為重復拷貝類型的重復數(shù)目最多。在重復序列的數(shù)目頻率分布上，二堿基重復類型的重

4、復序列數(shù)目近似為正態(tài)分布。
　　3在小衛(wèi)星中，主要的重復類型是三堿基重復和四堿基重復，占九成的比例。重復數(shù)目最多的重復類型是十四堿基重復，小衛(wèi)星都是富含A/T的重復序列。小衛(wèi)星的重復單位長度分布界限為7-36，集中分布在7-25之間。隨著重復單位長度的增加，由對應的重復序列數(shù)目大致上呈遞減的趨勢。
　　4基于SLAF-seq技術，獲得了359個茸毛偃麥草1St染色體特異SLAF片段，隨機選擇114個特異片段，通過引物設計，聚