玉米雌穗發(fā)育相關miRNA靶基因的降解組分析.pdf

1、玉米雌穗發(fā)育異常將導致空桿、結實不良等現象，對玉米產量造成嚴重影響。先前對玉米雌穗的研究多集中在玉米授粉后籽粒的發(fā)育等方面，從 miRNAs調控方面對玉米雌穗早期發(fā)育的研究較少，我們運用降解組測序技術對玉米雌穗發(fā)育過程中相關的miRNAs及靶基因進行了分析，鑒定出雌穗發(fā)育過程中可能的關鍵性基因，為進一步克隆研究雌穗發(fā)育相關基因奠定基礎。
　　MicroRNAs（miRNAs）是一類具有20～24 nt序列長度的不編碼蛋白質的內源小

2、分子RNA，這種非編碼RNA在各種動物、植物及微生物物種中高度保守。植物的miRNA主要在轉錄和轉錄后水平調節(jié)基因的表達，在植物生長發(fā)育等過程中發(fā)揮著重要作用。在本研究中，利用優(yōu)良玉米雜交種鄭單958的親本昌7-2和鄭58作為實驗材料，運用降解組測序等技術，對玉米雌穗發(fā)育相關的miRNA及其靶基因進行了分析，并結合實時熒光定量 PCR（Real-time PCR）對玉米雌穗發(fā)育相關的表達差異明顯的miRNA和其靶基因進行表達分析驗證。主

3、要研究結果如下：
　　1.進行Illumina測序后總共得到175214241次原始讀數，每個樣品平均獲得19468249次讀數。除去篩選接頭序列和短于18nt的序列后還有168052273次讀數，每個樣品平均18672474次凈讀數，范圍從16909865次到22244845次讀數。所有其他類型的小RNA篩除后，還有共138600762次候選miRNA讀數，每個樣品平均15400084次讀數，范圍從11902891次到19538

4、721次讀數。候選的miRNA與玉米B73基因組（RefGen_v2）比對，在所有的樣品中，21nt的RNA最豐富，占總量61.60％。
　　2.將targetfinder中miRNA序列與mRNA序列的配對預測結果和降解組密度文件的結果相結合進行靶基因的精確預測，共發(fā)現16個miRNA家族的95個miRNAs對應47個靶基因。挑選出7個保守的miRNAs及其相應的靶基因利用熒光定量PCR的方法進行表達譜的構建，顯現出的結果與測序