中國(guó)近海十三種石首魚(yú)類(lèi)的分子系統(tǒng)進(jìn)化分析.pdf

1、石首魚(yú)類(lèi)一直是我國(guó)重要的經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)。石首魚(yú)科魚(yú)類(lèi)種類(lèi)繁多，形態(tài)相似，難以確定種屬界限，一些種類(lèi)的歸屬尚未確定。本研究首次應(yīng)用核內(nèi)重組激活基因RAG-1結(jié)合線(xiàn)粒體16SrRNA作為分子標(biāo)記分析了中國(guó)沿海9屬13個(gè)種（小黃魚(yú)，大黃魚(yú)，棘頭梅童魚(yú)，黃姑魚(yú)，娩魚(yú)，半花黃姑魚(yú)，大頭白姑魚(yú)，銀姑魚(yú)，銀牙魚(yú)或，尖頭黃鰭牙魚(yú)或，勒氏石首魚(yú)，皮氏叫姑魚(yú)，鱗鰭叫姑魚(yú)）的石首魚(yú)序列，旨在進(jìn)一步闡明石首魚(yú)類(lèi)的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系提供了分子依據(jù)，為中國(guó)石首魚(yú)的種、屬和亞科

2、的劃分提供新的證據(jù)，并就各種基因在研究該科魚(yú)類(lèi)系統(tǒng)進(jìn)化研究的應(yīng)用潛力做出剖析。
　　 (1)本文獲得了中國(guó)沿海石首魚(yú)科9屬13個(gè)種合計(jì)48個(gè)線(xiàn)粒體16SrRNA基因片段，序列長(zhǎng)約484bp，共檢測(cè)到28個(gè)單倍型，170個(gè)變異位點(diǎn)。結(jié)合來(lái)自GenBank的5種石首魚(yú)科魚(yú)類(lèi)的相應(yīng)片段序列通過(guò)模式驗(yàn)證后構(gòu)建最大似然進(jìn)化樹(shù)。根據(jù)所得分子生物學(xué)數(shù)據(jù)并結(jié)合已知形態(tài)學(xué)理論，分析得出如下結(jié)果：銀牙魚(yú)或和紅牙魚(yú)或同屬于一個(gè)亞科，而尖頭黃鰭牙魚(yú)或不

3、屬于牙魚(yú)或亞科，并推測(cè)尖頭黃鰭牙魚(yú)或可能屬于擬牙魚(yú)或?qū)倩蛘唿S唇魚(yú)亞科；叫姑魚(yú)亞科和石首魚(yú)亞科是石首魚(yú)亞科中較早分化的種類(lèi)；黃姑魚(yú)屬有可能不屬于白姑魚(yú)亞科，而可能歸于一個(gè)新的亞科。
　　 (2)基于核基因RAG-1序列分析方法：用DNASTAR軟件包和MEGA4.0軟件進(jìn)行所測(cè)序列和其他石首魚(yú)類(lèi)的同源片段序列的編輯、排序并去掉兩端少許測(cè)序不穩(wěn)定序列后進(jìn)行比對(duì)。利用Mega4軟件中“Statistics”程序?qū)λ眯蛄械膲A基組成和核

4、苷酸位點(diǎn)的替換數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。采用Kimura雙參數(shù)模型計(jì)算遺傳距離，引用同科的攀鱸(Anabas testudineus)同源序列進(jìn)行比較，分別采用NJ法(Neighbor-joining)、以及最大似然法(Maximum Likehood)等不同的建樹(shù)方法對(duì)序列數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，比較不同建樹(shù)方法得到結(jié)果的相似和差異。其中，ML法采用TREEFINDER進(jìn)行分析。。采用MODELTEST軟件確定序列最適合的進(jìn)化模式?；诘燃?jí)似然比檢驗(yàn)(hie

5、rarchical likelihood ratio tests, LRTs)和標(biāo)準(zhǔn)的AIC方法從56種不同的核苷酸進(jìn)化模型中判斷出所要采用的模型。NJ法使用MEGA進(jìn)行系統(tǒng)重建Bootstrap置信值估算重復(fù)次數(shù)1000次。
　　 本實(shí)驗(yàn)共獲得48個(gè)線(xiàn)粒體16SrRNA基因片段，序列長(zhǎng)約484bp，共檢測(cè)到28個(gè)單倍型，170個(gè)變異位點(diǎn)。結(jié)合來(lái)自GenBank的5種石首魚(yú)科魚(yú)類(lèi)的相應(yīng)片段序列通過(guò)模式驗(yàn)證后構(gòu)建最大似然進(jìn)化樹(shù)；測(cè)

6、得的51條RAG-1基因經(jīng)序列比對(duì)后共有位點(diǎn)1498個(gè)，其中230個(gè)變異位點(diǎn)，單倍型數(shù)量39個(gè)。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)以較高的置信度分為明顯的兩個(gè)類(lèi)群：其中叫姑魚(yú)亞科，石首魚(yú)亞科，白姑魚(yú)亞科和牙魚(yú)或亞科聚為一大支；小黃魚(yú)、棘頭梅章魚(yú)、大黃魚(yú)和鮸魚(yú)組成的黃魚(yú)亞科形成一個(gè)單系群。
　　 根據(jù)所得分子生物學(xué)數(shù)據(jù)并結(jié)合已知形態(tài)學(xué)理論，綜合分析兩種分子標(biāo)記所得的結(jié)果，總結(jié)如下：銀牙魚(yú)或和紅牙魚(yú)或應(yīng)歸于一個(gè)屬，但分別基于線(xiàn)粒體16SrRNA序列和RAG